Axe Interactions Micro-organismes Environnement

Soumis par Alain-Herve Le Gall le lun 27/11/2023 - 09:50
Animateurs/Animatrices
François Peaudecerf (IPR), Julien Farasin (OSUR UAR), Tanguy Le Borgne (Géosciences Rennes), Achim Quaiser (ECOBIO)

Objectifs

Le rôle majeur des micro-organismes dans les cycles biogéochimiques en fait des acteurs essentiels du fonctionnement des écosystèmes et de la zone critique. Dans les milieux continentaux, ils interagissent avec des environnements aux conditions bio-physico-chimiques fortement contrastées et dynamiques, de l’échelle macroscopique (e.g. bassins versants) à microscopique (e.g. biofilms, minéraux). Comprendre comment les micro-organismes façonnent leurs micro-environnements, et comment ces derniers influencent l’action des micro-organismes sur les grands cycles biogéochimiques, est ainsi un enjeu de recherche important. Des recherches interdisciplinaires émergeantes abordent cette question en couplant des méthodes de microbiologie, hydrologie, géochimie et physique. Ceci doit permettre le développement d’approches intégratives multi-échelles, allant de l’observation de terrain à la caractérisation et l’expérimentation en laboratoire, avec pour but une compréhension quantitative des dynamiques observées dans l’environnement.

Image d'un puit de forage, d'une puce microfluidique et de bactéries observées par microscopie électronique

Ainsi, l’axe transverse Interactions Micro-organismes Environnement (IME) de l’OSUR vise à favoriser les échanges entre chercheurs, ingénieurs et techniciens de différentes disciplines intéressés par cette thématique. Son objectif est de développer une culture commune sur le sujet, et stimuler le développement de projets recherche interdisciplinaires cherchant à éclairer les couplages entre micro-organismes et leur environnement physique, chimique, hydrologique et géochimique, en s’attachant au lien entre échelle microscopique et macroscopique.

Pour ce faire, l'équipe d'animation de l'axe entreprend notamment les actions suivantes:

  • participation annuelle à l'Appel d'Offre OSUR pour projets interdisciplinaires
  • séminaires internes aux unités participantes pour partager les projets en cours dans la thématique de l'axe
  • séminaires invités

Ci-dessous, une représentation des multiples approches scientifiques dans les projets de l'axe transverse :

Schéma des approches scientifiques de l'axe transverse IME © Alexis Dufresne/Tanguy Le Borgne

Unités participantes

Les unités participantes identifiées sont

  • l'UMR CNRS ECOBIO
  • l'UMR CNRS Géosciences Rennes
  • l'UMR CNRS Institut de Physique de Rennes (IPR)

L'axe est ouvert à tout personnel d'autres unités de l'OSUR, et cette liste est amenée à s'élargir


Actualités

  • Prochain rendez-vous : Lundi 18 Mars 2024 à 9h en salle de l'OSUR
5 Février 2024 : séminaire interne avec Cécile Monard et Camille Vautier

Pour notre rendez-vous mensuel, Cécile Monard (ECOBIO) a partagé ses résultats sur le rôle de la teneur en eau des sols sur les interactions bactériophages-bactéries. Dans une seconde présentation, Camille Vautier (ENS Rennes-Géosciences Rennes) nous a présenté un panorama de ses travaux passés et à venir, notamment sur les échanges gazeux entre petits cours d'eau et atmosphère, et le transport des antibiotiques dans les bassins versants.

1er Février 2024 : résultats du premier appel d'offre fléché sur l'axe IME

3 Projets ont été financé sur la thématique de l'axe IME :

  • Impact des antibiotiques sur le cycle biogéochimique de l’azote (porteur : Camille Vautier, ENS Rennes - Géosciences Rennes) resume_Gautier_AO-OSUR_2024.pdf - (69.24 Ko)
  • Impact de la matière organique sur les communautés microbiennes et sur le fonctionnement des mares d’une réserve naturelle (Porteur : Aurélie Garnier, ECOBIO) resume_Garnier_AO-OSUR_2024.pdf - (59.47 Ko)
  • Etude par microfluidique de la dynamique des bactéries dans les gradients d’antibiotiques (Porteur: Tanguy Le Borgne, Géosciences Rennes)

Liste de diffusion

Si la thématique de l'axe transverse "Interactions Micro-organismes Environnement" vous intéresse, et que vous souhaitez recevoir des informations sur les animations organisées dans le cadre de cet axe, vous pouvez vous abonnez à la liste de diffusion ci-dessous :

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